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林俊惠會長

• 民國63年9月14日，奉行政院(台)(63)經字第7013號函，依照「台灣省加速農村建設時期，健全農田水利會實施要點」，核定合併原竹山、斗六農田水利會全部灌區及嘉南農田水利會濁幹線系統灌區，於民國64年1月1日成立雲林農田水利會，並派林俊惠先生擔任雲林農田水利會會長。

陳新登會長

• 民國70年12月健全案實施結束，恢復會員代表會制度，於民國71年5月20日第一屆會員代表大會成立，並選出陳新登先生為第一屆會長，民國75年5月陳新登先生連任第二屆會長。

張輝元會長

• 民國79年5月第三屆會員代表大會，選出張輝元先生為第三屆會長。
• 民國83年5月31日結束選舉方式，於同年6月1日由政府以遴派方式產生會務委員29名，並遴派張輝元先生為第一屆會長。民國87年6月張輝元先生連任第二屆遴派會長。
• 民國90年6月20日總統華總一義字第9000120780號令修正「農田水利會組織通則」，自民國91年起，會長及會務委員由全體會員直接選舉產生；由張輝元先生當選第一屆直選會長，並直選會務委員29名。民國95年6月張輝元先生當選第二屆直選會長。

林文瑞會長

• 民國99年6月林文瑞先生當選第三屆直選會長，並直選會務委員29名。
• 民國103年6月林文瑞先生當選第四屆直選會長，並直選會務委員29名。
• 民國107年1月17日，立法院三讀通過《農田水利會組織通則》修正草案，農田水利會改制為公務機關，農田水利會第4屆會長、會務委員任期延至民國109年9月30日。

洪國浩會長

• 民國109年2月1日，林文瑞當選立法委員，由洪國浩先生代理會長。目前會務委員27名。(遇缺不補)

林國華處長

• 民國109年10月1日，行政院農業委員會農田水利署雲林管理處正式掛牌成立了，林國華奉派擔任第一任雲林管理處處長，期盼與同仁及農民朋友共同努力，全心投入農田水利事業所帶來的挑戰。
• 民國112年8月1日農業委員會正式改制為農業部，本處全銜亦改為【農業部農田水利署雲林管理處】，仍由林國華副署長兼任雲林管理處處長。